Trước đây, khi tỉnh Hải Hưng cũ còn tồn tại, thủ phủ của tỉnh đặt tại thành phố Hải Dương, theo đó, trường Trung học phổ thông chuyên của cả tỉnh Hải Hưng cũng được thành lập tại thành phố Hải Dương (là trường Trung học phổ thông chuyên Nguyễn Trãi - Hải Dương hiện nay). Sau khi tỉnh Hải Hưng được chia tách, cùng với việc thành lập một loạt các cơ quan hành chính mới của tỉnh Hưng Yên, nhu cầu thực tiễn cũng đòi hỏi phải thành lập một trường Trung học phổ thông chuyên riêng của tỉnh. Với lý do đó, tháng 5 năm 1997, trường Trung học phổ thông năng khiếu Hưng Yên được thành lập (nay là trường Trung học phổ thông Chuyên Hưng Yên).